正畸牙齿移动的机理与免疫调控；
生物矿化材料及干细胞在口腔组织缺损修复的应用；
骨性错颌畸形相关遗传学基础；
颞下颌关节骨关节炎发病机制；
低温等离子体技术在口腔医学方面的应用；
口腔干细胞的转化医学。

中华口腔医学会副秘书长、科技研究部部长（2006～2010）；
中华口腔医学会正颌外科学组学术委员；
口腔数字化医疗技术和材料国家工程实验室第壹一届技术委员会委员；
2017中国国际正畸大会暨第十六次全国口腔正畸学术会议主席；
2016中国国际正畸大会暨第十五次全国口腔正畸学术会议主席；
2015中国国际正畸大会暨第十四次全国口腔正畸学术会议主席；
第14次国际颅面生长发育与功能研讨会暨第11次全国口腔正畸大会执行主席兼秘书长（2012）；
美国正畸协会(AAO)会员；
欧洲正畸协会(EOS)会员；
SCI期刊《PLOS ONE》审稿人；
SCI期刊《Oral Disease》审稿人；
SCI期刊《The Angle Orthodontists》审稿人；
SCI期刊《Chemical Engineering Journal》审稿人；
SCI期刊《Orthodontics & Craniofacial Research》审稿人；
SCI期刊《Stem Cells》审稿人；
SCI期刊《Journal of the Mechanical Behavior of Biomedical Materials》审稿人；
《中华口腔医学杂志》编委；
《中华口腔正畸学杂志》编委；
《华西口腔医学杂志》编委；
《北京口腔医学》编委；
《临床口腔医学杂志》编委；
《中国实用口腔科杂志》编委。

1993.08-1996.01 北京医科大学口腔医学院正畸科 讲师、主治医师
1997.06-2000.03 北京医科大学口腔医学院正畸科 副教授、副主任医师
2000.04-2002.08 北京大学口腔医学院正畸科 副教授、副主任医师
2002.08-2024.01 北京大学口腔医学院正畸科教授、主任医师
2004.12-2024.01 北京大学口腔医学院正畸科博士生导师
2009.09-2021.09 美国凯斯西储大学牙医学院兼职教授
2018.12-2024.06 美国宾夕法尼亚大学牙医学院兼职教授
1998.03-2000.03 北京医科大学口腔医学院正畸科 副主任
2000.04-2010.05 北京大学口腔医院正畸科 副主任
2010.06-2015.06 北京大学口腔医学院正畸科 主任

2021年：被评为北京大学优秀博士学位论文指导教师
2018年：被评为北京大学优秀博士学位论文指导教师
2017年：被评为北京大学优秀博士学位论文指导教师
2017年：荣获北京市科学技术奖三等奖。项目：口腔硬组织的生物再生及其关键调控机制研究（第四完成人）
2016年：被评为北京大学优秀博士学位论文指导教师
2015年：被评为北京大学优秀博士学位论文指导教师
2012年：被评为北京大学优秀博士学位论文指导教师
2012年：荣获北京市科学技术奖二等奖。项目：骨性Ⅲ类牙颌畸形非手术矫治的突破及传动矫正器、技术的研发（第二完成人）
2012年：荣获中华医学科技奖二等奖。项目：骨性Ⅲ类牙颌畸形非手术矫治的突破及传动矫正器、技术的研发（第二完成人）
2007年：荣获北京大学口腔医学院首届新技术新疗法临床应用成果汇报三等奖
2005年：主讲的《口腔正畸学》获北京大学精品课程奖
2005年：主讲的《口腔正畸学》获北京大学医学部精品课程奖
2005年：荣获2004年度北京大学教学成果二等奖
2001年：荣获中华医学科技奖一等奖。项目：内置式颌骨牵引成骨的临床和实验研究（第三完成人）
2001年：荣获北京市科学技术奖三等奖。项目：错合畸形与口颌功能的关系研究（第壹一完成人）
2001年：荣获北京市科学技术奖三等奖。项目：唇腭裂术后反合（牙合）的正畸及其与颅面形态口颌系统功能关系的研究（第三完成人）
2001年：荣获教育部科技成果完成者证书。项目：数字化口腔正畸医学影像信息系统（第三完成人）
2001年：荣获北京大学医学部2001年度优秀教师奖
2000年：荣获教育部中国高校科学技术奖-自然科学奖二等奖。项目：《现代口腔正畸学》（第三版）（第四完成人）
2000年：荣获霍英东青年优秀教师二等奖
1997年：荣获卫生部科技进步三等奖。项目：下颌运动轨迹分析在口腔正畸学中的应用研究（第四完成人）

周彦恒教授是国内外知名的口腔正畸临床专家、国际正畸领域中将正畸临床问题转化为基础研究的开创者，教育部《口腔正畸学》国家精品课程更早负责人、教育部资源共享课《口腔正畸学》课程的负责人，30多年来一直从事口腔正畸的临床、科研与教学工作。
他从正畸临床出发，以“微螺钉种植体支抗技术、隐形矫治技术、成人综合正畸治疗、正畸正颌联合矫治”等为临床前沿研究方向，在国内首先提出了系统术前术后正畸治疗的规范、正畸联合牙周系统治疗牙周病新理念及微螺钉种植体支抗的系统规范，实现了改进正畸治疗技术，扩大成人正畸治疗范围并提高疗效的目标。2011年周彦恒教授率先将Invisalign（隐适美）矫治技术引进中国，并率先在国内开展隐形矫治结合拔牙病例的探索，取得了开拓性的进展，完善和发展了隐形矫治技术体系。
同时，他还将临床问题与基础研究紧密结合，通过建立动物模型，针对正畸牙齿移动的机理及免疫调控、生物矿化材料及干细胞在口腔组织缺损修复的应用、骨性错颌畸形相关遗传学基础、颞下颌关节骨关节炎机制以及低温等离子体技术在口腔医学方面的应用等进行多学科的交叉研究并在国际正畸领域初步提出了两个创新性概念：Bio-orthodontics（生物正畸学）、Immu-orthodontics（免疫正畸学）。曾获发明专利5项，实用新型专利9项，北京市科学技术奖二等奖及三等奖、中华医学科技奖一等奖及二等奖、北京市科技成果三等奖、卫生部科技进步三等奖等。
周彦恒教授至今共发表中英文论文260篇，其中英文文章108篇，作为通讯作者或第壹作者在生物材料、干细胞、口腔医学以及正畸学等领域的国际前沿杂志《Advanced Functional Materials》、《CellResearch》、《Biomaterials》、《Plos One》、《Journal of Dental Research》、《AJODO》等发表SCI论文106篇，总计影响因子达到了433.778。先后主持、参加和完成了国家自然科学基金面上项目4项、科技部国际合作项目4项、科技部国家科技支撑计划项目1项、卫生部临床重点项目1项、教育部资助国家病例资源库建设项目1项、“十五”国家科技攻关计划项目1项、宁夏回族自治区2020年重点研发计划重大项目1项、“985工程”项目1项、国家“211”工程资助项目1项、首都医学科学发展基金项目1项等多项科研课题的研究，获得资助金额总计3523万元。全球学者库“2012-2021年全国口腔医学领域学者论文学术影响力排名”总榜第27名，口腔正畸科第1名；入选2022年度斯坦福大学全球前2%前沿科学家年度科学影响力榜单。
此外，周彦恒教授担任《口腔正畸学》本科生及研究生全国统编教材编委，参编著作和教材22部，是2020年新版人卫版《口腔正畸学（第7版）》副主编。他扎根教学一线，为我国年轻正畸医师的培养倾注了大量心血，曾获霍英东青年优秀教师二等奖，6次被评为北京大学优秀博士学位论文指导教师。他创建了“8+3”、“3+2”博士培养新模式并于2012年培养出国内首位口腔医学双博士。至今，周彦恒教授已指导博士研究生毕业60人，指导硕士研究生毕业19人。
在国际学术交流方面，他6次受邀在美国正畸年会发表演讲，多次在国际口腔正畸大会（IOC）、亚太口腔正畸大会（APOC）、世界种植体正畸大会（WIOC）等世界各地举办的学术大会特邀发言。2012年任大会执行主席兼秘书长在中国成功举办了第十四次国际颅面发育与功能研讨会，2015、2016、2017年以大会主席的身份主持了中国国际正畸大会，在国际正畸界产生了巨大影响。